博物館本館は一階に生物展示および第四紀古生物展示について、二階に洞窟・カルスト地形・地球の歴史・地質と化石・考古遺物について、それぞれ展示解説しています。

展示には標本のほか、レプリカや模型、ジオラマ、写真パネル、解説パネルを用いています。

講座室（レクチャールーム）では、ご希望に応じビデオ（20分）を上映します。

博物館の前庭には秋吉台地域から発掘された石棺と敷石の考古遺物を展示しています。